Centrum för teologi och religionsvetenskap är organisatoriskt en institution inom HT-fakulteterna. CTR styrs av en institutionsstyrelse under ledning av prefekten. Institutionsstyrelsen beslutar om riktlinjer för institutionens verksamhet och resursanvändning, och följer upp verksamheten. Institutionsstyrelsen fattar beslut i vissa institutionsnära frågor och fungerar som beredande organ till områdesstyrelsen och dess olika nämnder.