I denna kurs får du lära dig hur metoder från matematik och beräkningsfysik kan appliceras på biologiska problem. Kursen behandlar bland annat deterministiska och stokastiska simuleringar av biokemiska system, populationsmodeller, spatiella modeller och parameteroptimering.In this course you will learn how mathematical and computational physics methods can be applied to biological problems. Topics include deterministic and stochastic simulations of biochemical systems, population models, spatial models and parameter optimization.

Kursen behandlar: Viktiga begrepp inom osäkerhetskvantifiering (UQ), såsom verifiering vs. validering, påträngande vs. icke-påträngande, och framåt vs. inverterad UQ Numerisk diskretisering för partiella differentialekvationer med slumpmässiga parametrar: stokastisk Galerkin och stokastisk kollokation Bayesiansk inferens och dess tillämpningar på parameteruppskattning Provtagningstekniker: MoThe course treats: Important concepts in uncertainty quantification (UQ), such as verification vs. validation, intrusive vs. non-intrusive, and forward vs. inverse UQ Numerical discretisation for PDEs with random parameters: stochastic Galerkin and stochastic collocation Bayesian inference and its applications to parameter estimation Sampling techniques: Monte Carlo and importance sampling G

Kursens syfte är att förmedla kunskap om fysikaliska frågeställningar inom biologin; kursen behandlar bland annat cellens uppbyggnad, slumpvandring och diffusion, entropiska krafter, kemiska krafter, makromolekyler samt molekylära mekanismer och maskiner.This course is intended to present some aspects of biology from a physics perspective. Among the topics covered are: cell structure, random walks and diffusion, entropic forces, chemical forces, macromolecules, and molecular mechanisms and machines.

Denna kurs hålls till stor del som lärarledda övningar. Kursen ger erfarenhet och kunskap i programmering i allmänhet och i Python i synnerhet. Fokus är speciellt på bioinformatiska tillämpningar. Arbetet sker i Linux-miljö och kursen kommer utveckla studentens kunskaper inte bara i Python men också i Bash (kommandoskal) och CGI (Common Gateway Interface).This hands on course will give you experience and knowledge of programming in general and in Python  in particular. The focus is especially on applications in bioinformatics. Working environment is Linux and the course will develop the students’ skills in Python but also in Bash and CGI (Common Gateway Interface).    

Kursen primära syfte är att studenterna ska förvärva djupare insikter om och färdigheter i grundläggande koncept och verktyg för jämförande sekvensanalys, inkluderande olika typer av primära och sekundära sekvensdatabaser. Kursen ingår i masterprogrammet i Bioinformatik Kursen BINP17 kan läsas i kombination med kursen BINP16 Programmering i Python7.5 hp och ingår i masterprogrammet i bioinformatikBioinformatics, the application of computational methods to biological and biomedical problems, is a rapidly growing field. Modern biochemists and biologists need to have a basic knowledge of bioinformatics. This course provides both a practical and a theoretical overview of database searching, sequence alignment, phylogenetic analysis, gene prediction and genome analysis. BINP17 can be taken eith

I kursen ingår sammanfogning av genom-, transkriptom- och amplikondata samt en första analys av resultaten i form av genprediktion (för genom), samt expressionsanalys (för transkriptom). Gener och transkript annoteras på en grundläggande nivå. Studenterna genomför flera övningar i hur kommandoskal fungerar samt ett flertal programmeringsuppgifter i Python. Under kursen genomförs en individuell proThis hands on course will give you the experience and provide the tools that are needed to analyze next generation sequencing data. It is particularly focused on the analysis of: transcriptome data amplicon data genome data Working environment is Linux and the course will develop the students’ skills in Bash and Python. Covered areas are: assemblies differential expression varia

Efter assemblering av data, genererade med nya sekvenseringsmetoder såsom ”next generation sequencing”, måste resultatet knytas till den bakomliggande biologiska frågeställningen. Det innebär att den fortsatta analysen kommer att kräva olika bioinformatiska metoder. Kursen ger exempel på ett stort antal bioinformatiska tillämpningar för att besvara olika frågeställningar, t.ex. klassificering av gAfter assembling of data, generated by new sequencing methods such as "next generation sequencing", the results must be linked to the underlying biological questions. It implies that the subsequent analysis will require different bioinformatics methods. The course gives example of a large number of bioinformatics applications to answer different issues e.g. classification of genetic variants ("var

Kursen omfattar planering, genomförande och redovisning av en del av ett forskningsprojekt. Projektet ska ha anknytning till bioinformatisk utbildning. Kursen ingår i Masterprogrammet i BioinformatikIn this courses, you learn how to plan and carry out a project in Bioinformatics from start to end. The course is open for students on the Master's programme in Bioinformatics  

Kursens övergripande mål är att den studerande med stor självständighet skall genomföra ett vetenskapligt projekt inom ett väl definierat bioinformatiskt ämnesområde. Vi erbjuder masterexamensarbete i bioinformatik omfattande 30, 45 eller 60 högskolepoängYou can perform a Master's Degree project of 30 (BINP50), 45 (BINP51) or 60 (BINP52) credits in Bioinformatics. To be able to apply for a Master´s Degree Project in Bioinformatics you should be enrolled in the Masters Program in Bioinformatics at Lund University, and should have completed 45 credits of relevant advanced level courses within the programme.  

Kursens övergripande mål är att den studerande med stor självständighet skall genomföra ett vetenskapligt projekt inom ett väl definierat biologiskt ämnesområde. Du kan göra ett masterexamensarbete i biologi omfattande 30, 45 eller 60 högskolepoäng.You can perform a Master's Degree project of 30, 45 or 60 credits in either General Biology, or one of the specializations Animal Ecology, Aquatic Ecology, Conservation Biology or Plant Science. To be able to do a Master´s Degree Project in Biology you should be enrolled in the Master´s Program in Biology at Lund University, and should have completed 45 credits of relevant advanced level courses

Mikroberna är jordens osynliga majoritet. De finns i stort sett överallt där vi hittar flytande vatten och deras aktiviteter påverkar starkt alla andra livsformer. Vilken del av biologin du än specialiserar dig mot är kunskaper om mikroorganismerna viktiga. Deras betydelse inom t.ex. medicin, livsmedelsindustri, bioteknik och som molekylärbiologiska modellorganismer är välkänd, men mikrobiologin hMicrobes are the unseen majority on earth. They are found essentially everywhere where there is liquid water and their activities strongly affect all other forms of life. Whatever part of biology you are specialising in, knowledge about microorganisms is valuable. Their importance in e.g. medicine, food industry, biotechnology, and as model organisms in molecular biology is well known, but microbi

Kursen ger inblick i sinnenas funktion och betydelse för djurens beteenden samt exemplifierar djurens kommunikation. Kursen behandlar syn och annan ljusreception; lukt; smak; hörsel; balanssinne; mekanoreception; elektroreception; magnetoreception samt sinnen för temperatur och infraröd strålning. Samtliga sinnen studeras jämförande över djurriket.The course deals with vision and other types of photoreception, olfaction, taste, hearing, equilibrium, mechanoreception, pressure reception, electroreception, magnetoreception and senses for temperature and heat radiation. All senses are studied comparatively across the animal kingdom. A range of methods in physiology, ethology and human psychophysics are taught and used during the course.

Kursen fokuserar på att du skall lära dig grundläggande teori och förståelse för de viktigaste molekylära genetiska metoderna som används i moderna ekologiska och evolutionära forskningsprojekt. Centralt är att förstå betydelsen av genetisk variation för artbildning, populationsdifferentiering och individers anpassningar till olika miljöer, så som adaptationer mellan värd och parasit. Efter kursenIn this course you will learning basic theory and understanding of the most important molecular genetic methods used in modern ecological and evolutionary research projects. Central is to understand the importance of genetic variation for speciation, population differentiation and adaptations of individuals to different environments, for example adaptations between hosts and their parasites. After

Kursen är en avancerad kurs i Ekologi och kan ses som en del i en utbildning inom naturvård. Övergripande målsättning för kursen är att studenterna ska lära sig att med minimal tid i fält skaffa sig maximal kunskap om naturen med utgångspunkt i vad det insamlade materialet skall användas till. Övervakning av naturen innebär i sin strängaste betydelse att undersökaren vet vilken förändring som kan The main objective of this course is that you learn to optimise time in the field in order to obtain maximum information about the conditions and status of the natural environment. Monitoring of nature is based on that the investigator knows what change is expected and can construct a programme, including collection of data and material, which can detect a particular change. You may also do a gene

Kursen har som mål att ge kännedom om ekotoxikologiska teorier, modeller, problemställningar och arbetsmetoder. Vi behandlar teorier och modeller rörande toxikologiska testmetoder och endpoints, fördelnings-, spridnings-, och fugacitetskoncept, bioackumulering och biomagnifiering. Ekotoxikologiska effekter studeras på olika organisationsnivåer, biokemisk-fysiologisk, cell, organism, populatioThis course is aiming to provide understanding and practical knowledge of the fate, uptake and effects of anthropogenic pollutants in the environment. We study and apply ecotoxicological theories, models, and common methods and approaches concerning: fate of pollutants in the environment using fugacity based multimedia partitioning models; uptake and accumulation using models of bioconcentration a

Kursen är en avancerad kurs i ekologi och fokuserar på artkunskap, metodik och grundläggande ekologi om fåglar. Kursen bygger på lärande av metoder för att studera fåglar i fält, fältbestämning av fåglar (med avseende på igenkänning av arter mha utseende och sång) samt teori om fåglars morfologiska, fysiologiska och ekologiska anpassningar. Mer specifikt innebär fältstudierna att du lär dig grundeThis is an advanced course in ecology that focuses on species identification, methodology and basic ecology about birds. The course is based on learning the basic skills about techniques for studying birds in the field (including visual identification and identification on vocalizations), as well as theoretical moments about bird morphology, physiology and ecological adaptations. More specifically